用抗生素對受感染的種雞群進行藥物治療將有助于預防臨床病變并降低產蛋損失。藥物甚至可能會降低感染水平，但不會根除（凈化）疾病，而且總是存在產生抗生素耐藥性的風險。

消除MG的唯一可靠方法是減群和徹底消毒，這對許多家禽養殖場來說不是一個現實的選擇。這就使得種雞接種疫苗成為生產商降低損失的唯一選擇。良好的接種疫苗，特別是如果加上良好的生物安全措施，有助于控制MG向其他雞舍和農場的傳播，并阻止感染從種雞向后代的垂直傳播。

感染MG的肉雞應與MG陰性雞群隔離。為感染MG的肉種雞的肉雞接種疫苗可能有助于降低損失，但應該使用溫和的疫苗進行免疫，良好的飼養規范同樣重要。

MG在雞舍和雞場中傳播緩慢，因此有時間解決這個問題，但這種疾病仍然難以控制。在多日齡雞場中，MG尤其難以控制。

為了首先預防MG，所有禽類，包括野生禽類，以及嚙齒動物和其他哺乳動物都應該被認為是潛在的攜帶者，并遠離家禽養殖場。

然而，人類是MG的主要機械載體。如果不采取適當的衛生預防措施，人們可以將MG攜帶到家禽養殖場。受污染的車輛、設備和污染物也會將MG帶入農場。

影響MG傳播性的其他因素包括菌株的毒力和混合感染。

不同支原體菌株的毒力存在很大差異。一些菌株非常溫和，幾乎不會引起疾病，而另一些菌株具有高致病性，會引起相當嚴重的疾病問題并導致產量急劇下降。

即使MG菌株本身沒有造成直接的疾病問題，但由于MG可引起免疫抑制，促使其它病原體（如大腸桿菌）感染，發生更嚴重的疾病，即稱為與MG的協同效應。比方說，如果雞群是MG陽性，那么雞群可能會有50%的死亡率，而不是20%的死亡率。

支原體是沒有細胞壁的一類微生物，因此作用于細胞壁的抗生素無效。通常在種雞育雛或育成期用藥選擇余地大。此階段可以選擇替米考星（如辰星）、林可大觀（如維可觀）、恩諾沙星（如華諾欣）、泰妙菌素（如欣支林）。當然四環素類如多西環素（力多美欣）、金霉素（金倍舒）等都有一定的效果。

在產蛋期，由于有些雞蛋沒有受精，可能需要食用，這就限制了抗生素的選擇。兩害相權取其輕，在MG感染最嚴重的時期選擇使用抗生素，可以有一定的棄蛋期，但也沒有太大損失。

肉雞的抗生素選擇必須嚴格遵守停藥期，盡量在前期用藥，一是預防性治療可以更有效地控制感染；二是體重小，用藥成本低；三是可以完美地度過停藥期。