1、球蟲病

雞球蟲病和壞死性腸炎的臨床癥狀甚為相似，其病理變化也較為相似，較難鑒別診斷，尤其是在小腸球蟲病與壞死性腸炎同時發生的情況下，并發于球蟲病的壞死性腸炎常被誤診為原發性球蟲病，而布氏艾美耳球蟲病和堆形艾美耳球蟲病也易與壞死性腸炎相混淆。因此病理剖檢結合顯微鏡檢查是最為重要的臨床診斷手段。不同種球蟲所引起的球蟲病具有特定的病變部位，除柔嫩艾美耳球蟲和布氏艾美耳球蟲感染引起的病變部位較少與壞死性腸炎病變部位重疊外，其它種球蟲的病變部位與壞死性腸炎者幾乎一致。

2、壞死性腸炎

壞死性腸炎的病變發生于空腸，嚴重的情況下會延展至十二指腸甚至回腸和直腸，其纖維素壞死并在粘膜表面形成黃色或黃綠色的假膜與布氏艾美耳球蟲所致直腸的病變甚為相似。壞死性腸炎以零星可見的絨毛壞死斑點到融合性的粘膜壞死并披覆一層白色或黃色、綠色、棕色、紅色的假膜為特征，有時假膜可脫落至腸腔中。多數情況下會有腸粘膜出血或充血，但出血或充血并不一定與粘膜壞死相關。而堆形艾美耳球蟲引起的十二指腸粘膜壞死具有梯形樣分布的特征，易與壞死性腸炎的片狀或斑點狀假膜相區別；毒害艾美耳球蟲引起空腸的嚴重出血，并導致腸壁嚴重腫脹、質脆。進行腸內容物及粘膜的顯微鏡檢查發現球蟲裂殖子(體)和/或卵囊是鑒別小腸球蟲病和壞死性腸炎的有效手段。必要時也可以ELISA法檢查腸內容物中的α毒素和/或NetB毒素。

雞球蟲病和壞死性腸炎除病原體不同外，在流行特點、影響因素等方面都有許多共性，因此其防治策略和方法措施除特異性藥物外也是共通的。這里只給予原則性措施的簡單介紹。

1、特異性藥物防治

防治雞球蟲病和壞死性腸炎可用特異的抗球蟲藥物和抗生素進行。事實上，在飼料中添加抗球蟲藥物和抗生素一直是生產中所應用的主要方法。目前除歐盟等以禁止在飼料中添加藥物添加劑的國家外，多數國家都幾乎強制性地添加使用抗球蟲藥和抗菌劑。常用的抗球蟲藥物有氨丙啉、氯苯胍、球痢靈、尼卡巴嗪、氯羥吡啶、地考喹酯、芐氧喹甲酯、莫能霉素、鹽霉素、馬杜霉素、甲基鹽霉素、拉沙菌素、森杜霉素等，常用的抗產氣莢膜梭菌藥物有桿菌肽鋅、林可霉素、弗吉尼亞霉素、卑霉素、 阿伏霉素等。可以說如果沒有這些藥物的應用，就沒有集約化養雞業的今天。然而，目前無論是球蟲還是產氣莢膜梭菌對這些藥物都產生了嚴重的抗藥性。在臨床上選用抗球蟲藥物和抗菌藥時應參考藥敏試驗結果，才能充分保證藥物防治效果。

2、免疫預防

由于抗藥性的普遍產生和出于食品安全及防治細菌抗藥基因的擴散傳播，限制甚至禁止使用抗生素和抗球蟲藥物添加劑成為必然趨勢。免疫預防和通過飼料調配及給予益生素/益生元已成為必然發展方向。根據涓滴免疫理論和Jeffers的早熟選育方法研制的球蟲病活卵囊疫苗正逐漸成為球蟲病預防的主要方法，在歐盟國家已全面推廣使用，我國目前已有大約10%左右的肉雞使用球蟲病疫苗。然而壞死性腸炎疫苗的研制較為困難，目前較為成功的并已上市銷售的只有先靈-葆雅公司研制的重組類毒素疫苗，但對其使用效果報道不一。

3、飼料調配

通過飼料調配防治雞球蟲病和壞死性腸炎的基本原理就是通過飼料配方的優化改善飼料組成，消除抗營養因子，有效維持腸粘膜組織的“完整性”。具體措施包括使用酶制劑、酸化劑、霉菌毒素吸附劑、抗菌添加劑和抗球蟲藥物添加劑等。這方面研究報道很多，但養雞場和飼料廠應根據實際情況通過試驗研究來選擇確定最佳飼料配方。

4、應用微生態制劑

使用微生態制劑（益生素和/或益生元）是通過微生物的競爭排斥作用改善腸道的微生態環境，抑制產氣莢膜梭菌的生長和定植，并通過菌群改變而所致的腸道pH值、短鏈脂肪酸等一系列的變化，而間接改變球蟲寄生的小生境，從而抑制球蟲對腸上皮細胞的入侵。這一類的微生態制劑較多，但臨床使用效果甚有差異，這可能與微生態制劑本身的活菌數、使用方法、養殖環境與管理等多種因素有關。據報道，美國建明動物保健有限公司研制開發的CloStat?對壞死性腸炎有較特異的預防作用。